Pekerjaan desain dan perencanaan Jembatan Suramadu pertama kali dilaksanakan oleh Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) tahun 1993. Secara umum desain awal Jembatan Suramadu saat itu menggunakan pre-stressed box girder dengan bentang maksimum 150 meter. Memasuki wilayah lebih detil, panjang jembatan direncanakan sepanjang 5.438 meter. Lebar jembatan direncanakan 2 x 10.75 meter yang terdiri atas 2 x 2 x 3,5 meter lajur kendaraan dan 2 x 2 meter lajur darurat. Ruang bebas bagi alur pelayaran yang diakomodasi oleh bentangan jembatan adalah 150 x 35 meter.Sistem struktur jembatan dibagi menjadi tiga bagian, yaitu Causeway, Approach Bridge dan Main Bridge untuk mengakomodasi kebutuhan alur pelayaran di Selat Madura. Bagian Causeway menggunakan struktur atas Pre-Cast Pre-Stress U-Girder dengan bentang 35 meter, pondasi tiang pancang baja diameter 60 cm. di sisi Surabaya panjang total causeway adalah 1.400 meter, sedangkan pada sisi Madura 1.840 meter.
Struktur atas Approach brige menggunakan Cast-in-Situ Box Girder dengan bentang 70 meter. Pondasi yang digunakan adalah tiang pancang baja dengan diameter 100 cm. Jembatan utama yang direncanakan untuk mengakomodasi alur pelayaran di Selat Madura memiliki konfigurasi 110+150+110m dengan tipe struktur atas balance cantilever box girder. Pondasi jembatan utama direncanakan menggunakan tiang pancang baja dengan diameter 100 cm.
